杭州水上公交巴士两条船对开，时间从上午6时30分开始，到下午6时结束，平均半小时一个班次， 逢整点、半点发班。武林门至拱宸桥之间水上巴士行驶一趟约27分钟，与陆上公交不堵车时行驶 时间相近。
水上公交巴士的票价为成人单趟每人3元，可以使用公交IC卡的D卡。
水上巴士沿途设三个停靠站———西湖文化广场站（武林门码头）、信义坊站（江涨桥北80米）、运 河文化广场站（拱宸桥）。还有个中北桥锚泊点，位于杭州交通大楼南侧。